Os sítios históricos e arqueológicos de Pedro Fontes ficam na localidade de Padre Mathias, compondo a capela, o cemitério São Francisco e Vila.

Em parte desse território já foram encontrados vestígios de sambaquis.

O complexo hospitalar de Pedro Fontes é parte de uma história triste da cidade em que ocorreram internações compulsórias de pessoas com hanseníase (doença chamada lepra), afastando essas de seus familiares e gerando a exclusão social de famílias inteiras.

O sítio possui tombamento como bem imaterial conforme decreto municipal nº 274/2021, data: 25 de novembro de 2021.